일제 강점기에는 나한전이 무너져 내린 자리에 칠성각이 신축 되었으며, 만암(曼庵)스님이 정축년(1937년)에 후원자리에 있던 명부전을 대웅전앞 중정 좌편 현위치로 이건하고, 개금개채(改金改採)를 한 후 기문(記文)을 남겼다. 1938년 설제(雪醍)스님에 의해 만세루, 일광당 등의 보수불사가 이루어졌다. 만암스님은 백양사의 제 5 창주이며 선교율을 겸수하였고, 조계종 종정을 지내기도 하셨다.

1934년 가을 야간에 불갑사 산중에 있던 각 부도가 모두 도굴당하고 파손되어 설호스님이 남아있던 부도 6기를 모아 불갑사 앞 남록에다 옮겨 부도전을 조성하였다.

불갑사에는 일제 말기까지도 선원과 강원이 개설되어 정진하는 승려들이 많았었으나, 6.25 동란시 빨치산토벌대에 의하여 산너머 용천사는 물론이고 산내의 암자인 해불암, 불영대, 전일암, 오진암, 수도암 등이 불태워져 버렸다. 이 와중에 해불암에 모셔져 있던 古삼존불상이 불갑사 포교당 원각사로 옮겨 모셔졌다. 그 후 해불암, 불영대, 전일암, 수도암은 작은 규모로 복원되었으나 오진암은 아직까지 복원되지 못하였고, 또한 전일암은 1985년 화재로 인하여 다시 소실되었다.