불갑사는 정유재란의 병화(兵禍)로 절이 전소되어 버리고 오직 전일암(餞日菴)만이 남아 황폐해지자, 선조 31년(1598년) 법릉선사가 불사(佛事)를 발원하여 전각(殿閣)을 중창하고자 하였는데 수은 강항(睡隱 姜沆)선생이 불갑사중수권시문(佛甲寺重修勸施文)을 지어 이 불사를 도왔다. 법릉(法稜)의 4중창불사 이후 법당과 제불전(諸佛殿)이 5개동, 방사(房舍)가 11동, 암당(菴堂)이 11개소나 복원되었다. 불갑사기(寺記)에 이때의 건물명과 배치설명이 되어 있어서 그 당시의 가람 모습을 알 수가 있다.

불전은 대웅전, 나한전, 팔상전, 명부전, 관음전의 다섯을 비롯하여 금당이 있었고, 방사(房舍)로는 좌승당(左僧堂), 우선당, 청풍각, 백운당, 문수전, 명경당, 향적전, 향로전, 상실(上室)을 비롯하여 향로전과 상실에 부속된 별실 2동, 비전(碑殿), 양진전(養眞殿) 등이 있었고, 만세루, 천왕문, 금강문이 대웅전과 일직선상에 있었다. 산내암자로는 화재를 면한 전일암을 비롯하여 해불암, 명도암, 증지암, 척선대, 남암, 내원암, 청계암, 불영대, 심적암, 수도암, 오진암 등이 복원되었다.

1598년~1623년까지 대웅전 중창 및 전각들 중창복원, 천계 3년 계해(1623년)에 주불(主佛)을 조성하고, 숭정 8년 을해(1635년)에 좌우불상 조성, 숭정 7년 갑술(1634년)에 번와불사를 비롯하여 순치 18년(1661년), 건륭 8년 계해(1743년), 정묘(1747년)에 개금개채가 있었고, 순치 11년 갑오(1654년)에 명부전에 모신 지장보살, 시왕 등이 조성되었으며, 1694년 해릉선사에 의해서 법전중수 및 제전각들이 보수되었고, 1702년 팔상도 제작, 1706년 팔상전 주불 및 좌우보처 조성, 1710년 괘불탱화 및 괘불지주 조성, 1741년 채은선사가 다시 각 전각 및 방사에 대하여 대대적인 보수를 하였으며, 청봉당대선사에 의해서 영조 40년(건륭 29년, 1764년) 대웅전 중수, 팔상전 중건, 영조 41년(건륭 30년, 1765년) 향로전 중창 등의 불사를 마무리하고 1777년(건륭 42년)에 대웅전 후불탱화, 신중탱화, 팔상전 영산회상도, 명부전 지장탱화 등이 조성되었다.

만세루는 정유재란 직후 3칸으로 지어졌다가 1644년에 5칸, 1675년에 7칸으로 늘여지어졌고, 1741년 중수, 1802년 중수가 이루어졌다. 또한 도광 2년 임오(1822년)에 팔상전 3중창, 1825년 대웅전 중수 불사가 이루어졌다. 1822년 팔상전 상량문에 보면 불갑사에는 그때까지도 비전, 양진전, 오진암, 전일암, 불영대, 증지암, 해불암, 수도암에 대중이 각 10여명 이상씩 머물러 있었으며, 전체 산내 대중이 100여명에 이르렀다. 법릉선사의 4창 이후 1840년경 까지 불갑사는 본사대중 30여명 각 산내암자 대중 70여명 이상, 도합 100여명 이상의 승려가 수행하는 도량을 꾸준히 유지해 왔으며, 고려말 조선초의 가람 규모나 아름다운 면모에는 못미치더라도 그에 유사한 가람의 풍광을 갖추고 수행납자들의 정진도량으로서, 또한 학문하는 이들의 정진처로서의 역할을 훌륭히 해왔었다.

이 시대에 불갑사를 거쳐간 훌륭한 스님들과 학자들이 무수히 많지만 대표적으로는 연화인욱, 청봉거안, 율봉청고, 용암혜언 스님과 수은강항 선생을 들 수 있다.
연화(蓮華)선사는 1650년경 해불암 중수의 공덕이 매우 크며, 백암성 총스님의 모악산 해불암기에 그 내력이 기록되어 있다. 연화스님은 서산대사와 양대산맥을 이루었던 부휴선수대사의 고제(高弟)인 벽암각성 스님에게 법을 인가 받았으며, 그 제자로는 구련선하와 구하처열의 두 도인이 있다.

청봉(靑峰)선사는 불갑사 중수에도 공덕이 클뿐만 아니라, 서산대사의 5세 법손인 호암대사의 법제자로서 설파, 연담스님과 더불어 선지(禪旨)가 깊기로 이름 높았다.
그 제자 율봉(栗峰)선사는 청봉스님에게 법을 인가 받은 후 금강산 마하연에서 나한들을 놀라게 하였으며, 통도사 등지에 주석하면서 선풍을 드날렸다.

율봉스님의 제자 용암혜언 스님은 14세때 숙부 손에 이끌려 불갑사에 글을 읽으러 왔다가 청정한 수행 가풍을 보고 문득 출가할 결심이 생겼으나 뜻을 이루지 못하고, 17세에 산너머 용천사에서 출가한 후 다시 불갑사로와 청봉, 율봉스님 문하에서 도업을 이루고, 전국을 유람하며 수행한 후 이적을 많이 보였으며, 1812년 불갑사로 돌아와 화엄대법회를 열었고, 1819년 불갑산중에서 좌선수행을 하니 그 따르는 문도가 많았다고 한다. 조선조 말기의 경허선사가 용암스님에게 법맥을 잇고 있으니, 오늘날 이름높은 수월, 혜월, 만공, 한암스님 등이 모두 그 법손이 되는 셈이다.
수은강항 선생은 불갑사 중수 권시문을 써서 불갑사의 4창불사를 도왔을 뿐만 아니라, 전일암에서 수행하며 개안(開眼)의 경지를 터득했다고 한다.

고려말 각진국사 주석시 공민왕이 사방 삼십리의 토지를 불갑사 사원전으로 하사하여 불량답(佛糧畓)으로 하게 하였으나, 조선초 태종, 세종대의 억불기를 당하여 대부분이 몰수 축소되었다. 그러나 정유재란 병화 이후 150년간에 걸친 위와같은 법당 등의 중창불사와 함께 사원 경제력도 축적되어 갔으니, 영조 23년 당시 불갑사는 본사승려 30여명, 산내암자 승려 80여명에 사찰위전답 285필지 27결 81부 1속을 소유한 대사찰로 성장하였던 것이다.

이것은 불량답 18필지 3결 74부 3속을 포함한 원위전답 65필지 5결 6부 7속과 효종 9년(1658년)부터 영조 23년(1747년)까지 만 90년간에 걸쳐 조성해온 조성위답 220필지 22결 74부 4속으로 구성되었다. 불갑사 고적기 뒷부분에는 이와같은 내용을 상세히 기록한 불갑사 전장기가 실려있는데 이것은 조선후기 사원전 연구에 중요한 자료가 되고 있다.

그러나 조선조 말기의 극심한 훼불기를 당하여 불갑사도 온전하지 못하였으니, 1845년~1868년경까지 약 20여년 이상 승려들이 수행을 못하고 절이 비어있게 되었으며, 이 시기에 건물들이 많이 무너져 내려서 현재의 규모로 축소된 듯하다.