조선시대에 들어와서는 불갑사는 고려시대와 마찬가지로 연전히 장엄하고 화려한 사찰이었다.

나주, 함평, 영광, 무장, 진원, 장성, 광산의 선비들이 절이 아름답고 고요하며 수석이 맑고 만가가 먼 것을 좋아하여 매일 수십인이 모여 춘추로 글 읽는 소리가 끊이지 않았으며 과거에 급제한 이가 많이 나왔다고 한다.

이로서 오노봉(五老峰)의 백석암(白石菴)이나 구강군(九江郡)의 백록동(白鹿洞)처럼 학문하는 이들에게 이름이 높았으며, 춘추로 온 고을의 부노(父老)들이 자손을 데리고와서 강당에 모여 독법(讀法)을 하고 문루(門樓)에서 음사(飮射)를 하였다고 하니, 불갑사는 스님들만이 즐겨찾아 수행하는 곳이 아니요, 온 고을사람들이 모두 그 아름다움과 싱그러운 기운을 사랑하고 가꾸며 호연지기를 키우고 정신을 수양하던 곳임을 알 수 있다.

또한 가뭄이 들면 기우제를 지내게 되었는데, 태수가 문무관원을 거느리고 절에서 재계하면서 자고 용추(龍湫)에서 제사를 지내면 효험이 있었다고 한다.