불갑사의 3중창은 고려말 1341년 각진국사가 주석하면서부터 이루어졌다.

각진국사는 송광사의 수선사 제 13 세주(世主)로 계시다가 만년에 하산소(下山所)가 왕명에 의해 불갑사로 정해지자, 평소 따르던 제자 천여명이 몰려들어와 총림(叢林)을 이루게 되었고, 동구(洞口)가 그 무리를 수용하기에 비좁았으며, 이로부터 중창불사를 시작하여 5 백여칸의 거찰(巨刹)을 이루었고 승방 칠십여원, 낭환 사백여주, 31산내암자, 누각높이 90척, 법당은 수백인이 앉을 수 있는 규모가 되었다.

각진국사에 의해 가람이 장엄하고 수려하게 가꾸어진 후 불갑사는 불지종가(佛之宗家)라고 불리워졌으며, 호남(湖南)의 제일가경(第一佳景)이요 해동(海東)의 무쌍보계(無雙寶界)라고 칭송되었다. 이에 동(東)에는 토함의 일출(日出) 서(西)에는 연실의 낙조(落照), 동(東)에는 불국(佛國) 서(西)에는 불갑(佛甲)이라는 말로써 산수의 풍광과 가람의 장려함이 대비되기도 하였다.

각진국사는 왕이 불갑사를 하산주석처로 내리자 문인 심백(心白), 지부(智孚) 등으로 하여금 배편으로 원나라에 가서 대장경을 구해오도록 하여 충혜왕 2년, 충목왕 4년, 공민왕 1년의 모두 3회에 걸쳐 제방의 고승석덕을 초빙하여 대대적인 전장법회(轉藏法會)를 개최함으로써 나라의 은혜에 전장의 공덕으로 보답하여 복국의 터를 닦았다.
불갑사 3창의 기록을 살펴볼 때 낭환(廊環)이 4백여주의 규모로 서 있었다고 되어있는데 이는 회랑(回廊)이 불국사처럼 가람둘레를 빙 둘러싸고 있었다는 점을 말해준다.

그리고 불갑사는 고려시대 중후기 영광은 물론이고 압해, 장성, 삼계, 육창, 해제, 모평, 함풍, 임치, 장사, 무송지역 사찰들의 본사격이었다고 전해진다. 이 사실은 삼계에 현존해 있는 천방사지 오층석탑속의 유물에서 불갑사 말사라는 기록이 나온 것으로도 알 수 있다.